阿鲁特氏死后，因同治帝的惠陵刚刚择吉营建，所以她和同治帝的梓宫暂安于东陵的隆福寺。光绪元年(1875)九月十八日，光绪帝奉两宫皇太后亲自护送梓宫到东陵隆福寺，在那里停放了三年半。
营建山陵。按照封建社会的国家定制，新皇帝即位后，就应该卜择万年吉地，营建陵寝。可是同治皇帝在位13年，生前孝哲毅皇后与同治皇帝合葬的惠陵终未提及陵寝之事。直到同治帝驾崩了，急待入葬，慈禧才不得不派大臣在东陵和西陵为同治帝选择陵址。相度大臣带着风水官在两个多月里踏遍了东陵、西陵的山山水水，经过反复比较、筛选，最后认为东陵的双山峪和西陵的九龙峪风水最好。
东陵的双山峪龙气舒展，堂局宽平，罗城周密，屏障全备。“后有大山以为靠，前有金星山以为照。金星山之两旁更有万福山朝于左，象山立于右”，“是真上吉之地”。光绪元年(1875)二月二十一日，慈禧召见了相度大臣。慈禧详细询问了相度陵址的情况，由恭亲王奕䜣做了回奏。最后集中在是用东陵的双山峪，还是用西陵的九龙峪这个焦点上。慈禧征询相度大臣们的意见，奕䜣回奏说：“以理，则九龙峪固佳;以情，则臣惠陵前景(徐广源提供)下不敢言。”明显流露出应选用双山峪的意向。奕䜣所说的“理”，是指乾隆帝规定的“昭穆相建”制度。
按照这个制度，咸丰帝已葬在东陵，同治帝就应葬在西陵。奕䜣所说的“情”是指父子之情、母子之情。咸丰帝的定陵和慈禧的菩陀峪定东陵都建在了东陵，如果顾此之情，使娇儿长倚膝下，同治帝就应葬在东陵。奕䜣非常圆滑，善于词令。他明明倾向于选用双山峪，却说“臣不敢言”，意在让慈禧自己作决定，自己免担破坏“昭穆相建”制度的罪名。慈禧是何等精明之人，立时就明白了奕䜣的心思，当即决定将东陵的双山峪定为惠陵陵址。任命醇亲王奕、左都御史魁龄、户部侍郎荣禄、署理工部侍郎翁同龢为承修大臣，于光绪元年(1875)三月十二日午时破土，八月初三日午时兴工，经过三年紧张施工，到光绪四年(1878)九月，惠陵、惠妃园寝及礼部、八旗、内务府衙署、营房等工一律告竣。惠陵规制虽然逊于以往清帝陵，但其木料均为坚硬名贵的梴楠木，因此惠陵素有“铜梁铁柱”之称。
帝后入葬。经钦天监择吉，定于光绪五年(1879)三月二十六日同治帝、孝哲皇后入葬惠陵地宫。三月二十一日，光绪帝奉两宫皇太后由京启銮，去东陵参加同治帝、后的奉安大典。二十三日到达东陵的隆福寺，并住在了那里。二十四日辰刻，同治帝梓宫和孝哲皇后的梓宫从隆福寺暂安处奉移惠陵。光绪帝跪送后，由间道至惠陵，敬视方城、明楼、地宫后，于申刻跪迎同治帝、孝哲皇后梓宫到惠陵，两具梓宫均停放在隆恩殿内。三月二十五日，光绪帝在同治帝、后的梓宫前行迁奠礼后，奉移两梓宫于方城前芦殿内，安奉在龙车上。二十六日卯刻，孝哲皇后梓宫随同治帝的梓宫葬入地宫。
同治帝的梓宫安奉在棺床正中，孝哲皇后梓宫安奉在同治帝左(东)旁，均棺头朝北，棺尾朝南。同治帝、孝哲皇后的谥册、谥宝于梓宫入葬前安放在地宫左右册宝石座上。众大臣退出地宫后，敦宜皇贵妃(即慧妃富察氏)等进地宫敬视同治帝和孝哲皇后梓宫。随敦宜皇贵妃进入地宫的可能有瑜妃赫舍里氏、珣妃、瑨嫔西林觉罗氏。她们与自己的夫君同治帝和皇后阿鲁特氏作最后的诀别。
同治帝的这4位遗孀，当同治帝驾崩时，年龄最大的瑜妃19岁，年龄最小的皇贵妃富察氏(慧妃)才16岁，刚刚进入花季妙龄就开始了数十年的漫长的寡居生活。敦宜皇贵妃等退出地宫后，在石祭台前奠拜如仪。掩闭地宫石门，大葬礼成。
地宫被盗
震惊中外的东陵第一起大盗案发生在1928年7月，军阀孙殿英盗掘了乾隆帝的裕陵地宫和慈禧陵地宫。1945年8月，日本投降以后，东陵地区的一些土匪、不法分子趁时局动荡、政权交替的混乱之机，制造了东陵的第二次大盗案。这次被盗的陵寝有康熙帝的景陵、咸丰帝的定陵、同治帝的惠陵和慈安陵。被盗陵寝之多，损失之惨，比上次更为严重。
据民国三十五年(1946)四月二十二日《世界日报》略载：“三十四年十二月清三陵被盗，一、同治惠陵，棺两口。一同治，一陪妃，尸体俱面目如生。金棺前供桌上同治翠印一、金表一。棺内外珠宝、玉翠、金属等品，用麻袋装出，再用香炉量分，金子约二十余斤。”
又据民国三十五年五月二十九日《华北日报》略载：“惠陵盗犯供词略称：三十四年十一月间，奉司令命，征集民夫挖掘惠陵，用炸药把石门炸开，第一层有四个架子，分列两旁。一边是皇帝翠印一颗、皇后翠印一颗，一边是书籍及印刷板之类。第二、三层没有东西。第四层有棺两个，用斧锤等将棺劈开，由皇棺内取出半斤重金墨匣一方、重四两金八卦一个、美国赠品四边镶白珠可走半年之金表一个、朝珠白缂各两串、二十四颗的白珠子两串、翠扳指一个、金火盆一个、翠烟袋一支。在后棺内取出凤冠一顶，白玉镯、金镯各一对，翡翠、珍珠、玛瑙及木质朝珠各一串，重三两金九连环一件，凤凰簪子一件，玛瑙扳指、金镶白珠戒指、翠牌各一个，长翠簪一件，其他零星物品无法统计。”
孝哲皇后棺内的这些随葬品以及同治帝棺内的随葬品全部被盗走了。
惠陵被盗后，由于东陵当时处于无人管理状态，盗口一直到1952年清东陵成立文物保管所时才堵砌上。由于洞口长期未堵，当地许多百姓都到地宫里看过。当地流传说：惠陵地宫里那位娘娘的尸体一点儿未烂，面目如生。她浑身被扒得一丝不挂，肚子被剖开，肠子流了一地。社会上盛传这位娘娘是吞金死的，他们为了取金子，把娘娘的肠子从头到尾撸了一遍。
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